Sebagai gereja atau kehidupan bersama religius, GKJ Magelang menyadari banyak sekali pergumulan, misalnya:

1. Heterogenisasi dan Homogenisasi. Heterogenisasi adalah kemajemukan warna teologis gereja-gereja reformatoris, baik dengan segi ajaran, ibadah maupun etika. Jelas ini sudah menjadi konsekuensi dari salah satu prinsip utama Protestant­isme, yaitu sola scriptura (hanya oleh Alkitab), yang sejak zaman Luther membuat umat bisa membaca Alkitabnya sendiri dan memberikan refleksi pribadi atasnya. Orang Protestan tidak memiliki hirarki legal yang memiliki otoritas untuk mengawasi dan mengontrol ajaran yang berkembang, karena adanya demokratisasi pembacaan Alkitab. Dan ketika keberagam­an ini tidak bisa diakomodasi, maka terjadilah perpe­cahan dan perpisahan. Namun ada juga reaksi Homogenisasi. Homogenisasi adalah standardisasi atau pemutlakan teologi tunggal oleh banyak pihak di kalangan gereja-gereja Protestan. Tidak jarang kita mendengar ungkapan, “Inilah doktrin yang paling benar, paling alkitabiah!” dan segera dibarengi dengan ungkapan lain, “Apa yang tidak sesuai dengan ajaran ini berarti sesat dan tidak alkitabiah!”. Di sinilah adanya ketegangan dan dilema antara ortodoksi dan heterodoksi, antara kelurusan ajaran dan kewarna-warnian ajaran. Di sisi mana kita harus berdiri?

2. Kelembagaan dan Revivalisasi. Gereja ”arus utama”, seperti GKI, GKI, GPIB, HKBP dll (istilah ini lebih baik dibanding dengan istilah ”gereja se-asas”), terlalu disibukkan dengan usaha mengorganisasi diri dan dengan demikian kehilangan semangat mula-mula. Segala sesuatu yang terjadi di gereja diukur dari kecocokannya dengan peraturan dan sistem organisasi. Dengan demikian gereja sebagai organisme (= hidup, dinamis, berubah, membuka diri, menyesuaikan diri) berubah menjadi organisasi. Akibatnya Gereja yang semula sebagai ”Gerakan” menjadi lembaga. Pada titik ini apa yang sudah menjadi warisan masa lalu menjadi baku, beku dan baka. Itulah sebabnya, dalam GKJ kita terkadang ”terjebak pada aturan”. Padahal ”aturan dibuat” bukan sebagai ”jeruji, satu-satunya jalan” melainkan sebagai ”penunjuk arah dan payung pelindung”. 
   Di sisi lain terjadi Revivalisasi (kebangunan rohani besar-besaran). Namun sayangnya revivalisasi terlalu timpang menekankan pengalaman rohani dan cenderung meng¬abaikan hal-hal penting lain, seperti doktrin dan etika. Dalam hal ajaran (doktrin), terjadi ketidakteraturan teologis. Seorang pemimpin bisa memiliki pandangan apa saja, se-aneh apapun, asal mendukung pengalaman rohaninya dan didukung oleh umat yang mengidola-kannya secara fanatik (Bandingkan: ada gereja/pendeta yang mengkultuskan ’sakramen perjamuan dan minyak urapan’ bisa memperpanjang umur, menyembuhkan fisik, bahkan mengawetkan mayat). Dalam hal etika, gerakan ini amat miskin dalam praktik teologi sosialnya (peran gereja di dalam masyarakat – etika sosial), maupun dalam praktik teologi ekumenenya. Dalam hal etika sosial, mereka cenderung melarikan diri dari tugas kenabian. Sedang dalam hal etika ekumene, mereka tampak kurang peduli pada perasaan gereja-gereja lain.
   
   
3. Pekabaran Injil. Ada dilema antara tugas melakukan pekabaran Injil secara pribadi kepada dunia dan tugas melakukan pelayanan sosial untuk memperbaharui masyarakat. Yang satu bisa menjurus pada sikap terlalu menekankan aspek individual-rohani, yang lain pada sikap terlalu menekankan aspek sosial-jasmani.
   
   
4. Kuasa dan Otoritas. Ada dilema antara prinsip bahwa setiap orang bertanggung jawab atas keputusan pribadinya dan prinsip bahwa gereja memegang tugas dan tanggung jawab untuk mengatur dan menyeragamkan pemahaman teologis. Yang satu membuat kekristenan jadi agama personal, yang lain membuat kekristenan sekedar menjadi agama komunal.
   
   
5. Ekumenisme dan Denominasionalisme. Ada dilema antara tugas mempersatukan gereja-gereja menjadi satu tubuh secara organi¬satoris dan tugas untuk menghargai kepelbagaian denominasi yang ada. Yang satu menjurus pada penyeragaman, yang lain menjurus pada pengkotak-kotakan yang terpisah-pisah.
   
   
6. Katolisitas dan Kontekstualitas. Ada dilema antara tugas memperjuangkan sifat am (katolik) dari gereja sehingga dasar bersama amat ditekankan, dan tugas menerjemahkan iman dalam konteks yang khusus di mana gereja berada dan hadir.
   
   
7. Doktrin dan Pengalaman Rohani. Ada dilema antara tugas menjaga sistem ajaran di satu sisi dan tugas untuk mengem¬bangkan kesempatan umat mengalami pengalaman rohani yang berarti. Yang pertama ditekankan secara berlebihan oleh kelompok yang mengaku diri injili, yang lain terlalu ditekankan secara berlebihan oleh gereja-gereja yang beraliran pentakostal dan kharismatik.
   
   
8. Eksklusivisme dan Universalisme. Ada dilema antara tugas mempertahankan prinsip keselamatan di dalam Kristus di satu sisi dan tugas mempertahankan pesan universal keselamatan yang Allah berikan. Yang satu bisa memunculkan eksklusivisme yang kemudian mengabsolutkan prinsip “keselamatan di dalam Kristus” menjadi doktrin “keselamatan satu-satunya melalu Kristus.” Yang lain memunculkan paham universalisme yang menghargai jalan keselamatan dalam agama-agama lain.
   
   
9. Profesionalisme dan Pelayanan. Ada dilema antara tugas profesionalisme yang harus dilakukan secara profesional, berdasarkan kaidah managemen dan kesadaran sebagai orang yang bekerja. Namun disisi lain ada pelayanan, sukarela, dan berdasarkan ’kemauan’ ataupun ’bilamana sempat’, yang penting untuk Tuhan.
   
   
10. Idealisme dan Ekonomis. Ada dilema antara idealisme dalam pelayanan dan dalam mempergunakan potensi (tanah, bangunan, pembiayaan). Sehingga idealisme mengaburkan kesadaran adanya nilai ekonomis. Sudah waktunya Gereja memiliki kesadaran bahwa gereja pun bisa memakai potensinya yang bernilai ekonomis bagi pembiayaan gereja.