Setelah 40 tahun pintu pekabaran Injil telah terbuka oleh pemerintah Hindia Belanda, gereja Gereformeerde di Amsterdam mengajukan permohonan pekabaran Injil dan baru 20 tahun kemudian atau tahun 1910 dikabulkan. Pengiriman pekabar Injil ini sekaligus sebagai kepedulian gereja Amsterdam terhadap kondisi Hindia Belanda akibat tanam paksa pada jaman oleh Gubernur Jendral Johannes van den Bosch tahun 1830 yang menyengsarakan rakyat Hindia Belanda. Tidak heran di dalam negeri Belanda, partai Liberal mengutuk keras tanam paksa dan meminta agar kerajaan Belanda mengembangkan politik etis yang telah digaungkan oleh Pieter Brooshooft dan C. Th. van Deventer sebagai wujud politik balas budi dengan mengentaskan kemiskinan di Hindia Belanda. Pada Januari 1901 ratu Wilhelmina di Belanda mengesahkan politik etis sebagai kebijakan resmi pemerintah Belanda di Hindia Belanda. Dengan kebijakan inilah para zending di Belanda tergerak hati untuk turut serta dalam mengentaskan kemiskinan penduduk di Hindia Belanda, terutama yang Jawa yang terdampak besar tanam paksa. Zending Belanda datang ke Jawa dengan mendirikan gereja, sekolah dan rumah sakit.

Pada 25 Mei 1911, gereja Amsterdam (Middelburg) mengutus DS. Art Merkelijn yang semula pendeta di gereja Schoodijke menjadi Pendeta Utusan (missionair predikant) ke tanah Jawa. Pada bulan Februari 1912 Merkelijn tiba di Jogjakarta untuk memperdalam bahasa Jawa dan baru 3 September 1912 beliau telah berada di Magelang tepatnya di kampung Jambon. Kondisi Magelang saat itu telah ada benih kekristenan kerasulan di sekitar Glagahombo-Tegalrejo, Ngawen Muntilan, Sawangan dan Pringombo Tempuran. Kegiatan persekutuan diadakan di rumah Marklijn yang diikuti 7-10 orang dan baru 1913 dibangun rumah bambu (atau barak, brak) disamping rumah sebagai tempat persekutuan. Membuka kursus Bahasa Belanda, kursus menjahit dan selebaran ‘Ngoedi Rahayoe’ dijadikan alat mendekatkan Injil ke masyarakat umum. Seiring dengan itu dibukalah beragam sekolah Kristen, seperti HCS (Hollandsch-Chineesche School atau Sekolah Cina-Belanda, sekarang SMK Wiyasa, kini di Jl Tidar 36) pada 2 September 1913, kemudian HJS met de Bijbel (Hollandsch-Javansche School, sekarang SD Cacaban 4) di Kejuron dan Christelijke Schakelschool di Kemirikerep 33 (sekarang SD Kristen 1 Kemirikerep). Dengan dibukanya sekolah tersebut maka perkembangan jemaat Kristen Jawa semakin maju, sehingga barak yang dibangun sebagai sarana tempat ibadah sudah tidak dapat menampung umat lagi. Maka di upayakanlah untuk meminjam gedung sekolah di Kejuron atau di Jl. Tidar 36 sebagai tempat ibadah. Setelah 3 tahun membangun Gedung di dekat bong China diantara lebatnya pohon di Jalan Bayeman 44, 7 Maret 1921 gedung 2 lantai  bernama Gereformeerde Kerk yang kini dikenal sebagai GKJ Magelang diresmikan. Lantai 1 untuk kantor Zending dan lantai 2 untuk ibadah kebaktian. Setiap Minggu diadakan ibadah 3 kali, Gereformeerde Tinghoa jam 06.00, Gereformeerde Belanda jam 08.30 dan Gereformeerde Jawa 16.00. Gereja yang megah ini dibangun di antara rimbunan pohon yang masih banyak babi hutan, jalan 2 meter di depan gereja, sebab kota Magelang hanya sebatas alun-alun selatan ke arah utara.

Kolaborasi Merkelijn, pasamuwan kerasulan dan perkumpulan pemberitaan Injil di masyarakat Tionghoa serta guru Injil Jawa-Tionghoa proses perkembangan Injil di Magelang hingga Temanggung semakin berkembang cepat. Bagi warga Kristen Jawa pelayanan berpusat di Jalan Bayeman 44 dan  warga Kristen Tionghoa di Jalan Pemuda. Setelah baptisan 3 Agustus 1922 banyak sekali umat Kristen Tionghoa akhirnya ibadah berpindah ke Juritan Lor 28 dan kemudian ke Jalan Sablongan dengan diberi nama Hok Im Tong (Gereja Injili) dan dilayani oleh Guru Injil The Poo Sie.  Selanjutnya, para Guru Injil yang melayani mereka adalah R. M. Wirjotrisno, Sie Ing Kong, Liem Cheh, Dhiong Hong Sik dan Chew Choon Hay.  Dengan berkat Tuhan dibangunlah sebuah gedung gereja dengan biaya ƒ. 12.000 dan diresmikan pada tanggal 22 Desember 1932 dengan nama Hoa Kiauw Kie Tok Kauw Hwee.  Kemudian, jemaat ini didewasakan pada tanggal 2 September 1934, dikemudian menjadi GKI Magelang, dan berubah menjadi GKI Pajajaran 20 Agustus 1986 sebagai pembeda GKI Pahlawan yang didewasakan.

Sejak Januari 1921 jemaat Jawa diurus oleh Akim dan Sadi Martawiajrdja, dengan penulisnya Soemadi Martosendjojo, namun di Januari 1924 diadakan pemilihan Majelis dengan hasil Akim sebagai Ketua, Soemardjo Armosoekarto sebagai diaken, sedangkan Soemadi Martosendjojo sebagai penulis. Rapat Majelis baru diadakan pada tanggal 20 maret 1924, dan pada tanggal 3 Oktober 1925 jumlah warga Majelis bertambah 2 orang. Sehingga jumlah penatua menjadi 3: Akim, Sadi Martpwiardja, Soemadi Martosendjojo, dan diakennya ada 2, yaitu: Soemardjo Atmosoekarto dan Martosendjojo sepuh. Di tahun 1926 jumlah Majelis bertambah 2 lagi yaitu: Jusak Martasuwignja dan Suleman.